Desde 2009 San Mateo del Mar y Santa María del Mar (agencia del municipio de Juchitán), Oaxaca han estado enfrentados por mil 369 hectáreas que se pretendía rentar a empresas eólicas, entre ellas Preneal y Mareña Renovables, para instalar el parque eólico Santa Teresa, que finalmente fue suspendido. 

Desde 2019 persiste un conflicto político debido a que cinco de las ocho agencias del municipio de San Mateo del Mar, además de tres barrios y tres comunidades, desconocieron al alcalde Bernardino Ponce Hinojosa, con el argumento de que hubo irregularidades en el proceso de elección.

Al inicio de la emergencia sanitaria por la pandemia de Covid-19, los integrantes de la Unión de Agencias y Comunidades Indígenas Ikoots instalaron un filtro sanitario en Huazantlán del Río, acceso principal, para evitar la entrada de personas ajenas a la localidad.  El 2 de mayo, pobladores y el agente municipal de Laguna Santa Cruz, Nicasio Palafox Zepeda, no acataron la medida; planeaban realizar una fiesta e intentaron ingresar al poblado con un vehículo e instrumentos musicales, pero se le impidió el paso y retuvieron la unidad.

Habitantes de Laguna Santa Cruz acudieron a recuperarlo, pero fueron retenidos y se suscitó un enfrentamiento.El pasado domingo, la Unión de Agencias y Comunidades indígenas Ikoots denunció en una misiva que fueron atacados a balazos por sus opositores en un filtro que instaló la autoridad local en la agencia de Reforma cuando se dirigían a una asamblea informativa a Huazantlán del Río; seis de sus integrantes fueron heridos.