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En marzo de 2007, la multinacional Chiquita admitió haber hecho contribuciones a las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), un grupo paramilitar clasificado como terrorista por el gobierno de los Estados Unidos, entre los años de 1997 y 2004. Chiquita llegó a un acuerdo frente a una denuncia penal hecha por el gobierno de los Estados Unidos en ese momento, y accedió a pagar una multa de 25 millones de dólares.

En marzo 11 de 2008, se presentó una nueva demanda en Nueva York en contra de Chiquita por parte de las familias de cinco misioneros que presuntamente habían sido asesinados por combatientes de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC). acuerdo con el gobierno estadounidense de admisión de culpabilidad a cambio de remover ciertos cargos contra la empresa, respecto a los pagos hechos a las AUC, Chiquita admitió que también había hecho pagos a las FARC. Los demandantes aleganque los pagos hechos por Chiquita a las FARC (así como también el apoyo material por parte de la empresa) apoyaron actos terroristas que subsecuentemente contribuyeron a las muertes de los cinco misioneros. El 4 de febrero de 2010, el Juez del Distrito, Kenneth Marra, ratificó cinco de las demandas y desestimó 19. El gobierno de los Estados Unidos incluyó a las FARC en la lista de grupos terroristas.

En febrero de 2018, al menos dos de las familias de seis norteamericanos pertenecientes a las Nuevas Tribus, una denominación religiosa neopentecostal de los Estados Unidos, que fueron secuestrados y asesinados por las FARC en la década de los noventa, llegaron a un acuerdo con Chiquita en una Corte de la Florida, dado que el juez sentenció que la empresa fue responsable, bajo la Ley Antiterrorista, de financiar a esa guerrilla (además de a los paramilitares de derecha).

- Chiquita settles suits with families of slain missionaries, geologist, Palm Beach Post, 5 Feb 2018

- Families Sue Chiquita in Deaths of 5 Men, Carmen Gentile, New York Times, 17 Mar 2008