El megaproyecto del Tren Maya, especialmente el Tramo 5, ha generado una oleada de críticas debido a los graves daños ambientales que está causando en los cenotes y cavernas de la Península de Yucatán y otros Estados. Estos cuerpos de agua subterránea no solo poseen un invaluable valor arqueológico, sino también un importante significado medioambiental. Jueces han ordenado suspensiones definitivas del Tramo 5, debido a la ausencia de estudios de impacto ambiental adecuados. Evidencias de ambientalistas han revelado prácticas preocupantes, como la perforación de cuevas y cenotes utilizando pilotes de acero, así como la inyección de cemento en estas formaciones naturales. Además, se han detectado evidencias de contaminación en importantes cavernas como Garra de Jaguar, Manitas, Dos Balas y Oppenheimer en Quintana Roo, lo cual ha sido denunciado ante la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (Profepa). Sin embargo, a pesar de estas denuncias y acciones legales, se señala la presencia de omisiones por parte de las autoridades responsables. La búsqueda de justicia y la protección de estos valiosos cenotes y cavernas continúa siendo una prioridad urgente para quienes defienden el patrimonio natural y cultural de la región.