米ウォール・ストリートジャーナル（WSJ）による大規模な調査について2021年9月に最初に報道されたところによると、「フェイスブック・ファイル」と呼ばれる内部資料により、フェイスブックが自社のプラットフォームに有害な影響を引き起こす欠陥があることを認識していながら、修正せず放置していたことが明らかになった。今回の結果は、調査報告書やオンラインでの従業員との議論、経営陣に向けたプレゼンテーションの草稿をはじめとするフェイスブックの内部文書の調査に基づくものである。そうした文書により、同社の研究者らがプラットフォームの有害性を何度も確認していたことと、そのような問題点を同社が修正せず放置していたことが分かったという。

主な調査報告は以下のとおり：

• 同社は、自社のポリシーはすべての人に適用されると表明しているにもかかわらず、一部のルールから著名なユーザーを除外している。関連文書は、当該プログラムが「同社による通常のチェックから数百万もの著名人を除外するものであることを示唆している。そうしたユーザーの多くは特権を乱用し、通常であれば制裁措置の対象となるようなハラスメントや暴力の扇動などに関する投稿をしている。フェイスブックは、当該プログラムに対する批判は妥当であるとし、当初は良い目的で設計されたものであり、現在修正作業を進めているところだと述べている。」
• フェイスブック傘下のインスタグラムの研究者らは、画像共有アプリ「インスタグラム」が10代の多くの女子にとって有害であることを再三にわたり確認していた。「フェイスブックは、米議会へのコメントで認められたような同社アプリの悪影響を公然と一貫して軽視し続け、調査を依頼した研究者や議員に対して結果を公表していない。フェイスブックは、アプリによる悪影響は広まっていないと回答し、メンタルヘルスに関する調査は有益であり、有害性の中には容易に対処できないものもあるとした。」
• フェイスブックの従業員からは麻薬カルテルや人身売買組織に関する警告もなされているが、ほとんど具体的な対応につながっていない。関連文書には次のように記されている。「従業員は、巨大なユーザー基盤がさらに拡大を続ける途上国で、自社のプラットフォームがどのように利用されているかについて警鐘を鳴らしている。従業員からは、中東の人身売買組織がフェイスブックのアプリを使用して女性を勧誘し、暴力的な雇用環境で働かせているといったものや、エチオピアの武装集団が同アプリを使って少数民族に対する暴力を扇動しているといった内容の警告があった。内部文書によると、従業員は上司に対し、臓器売買やポルノ、反体制派に対する政府の措置についても警告していたという。また多くのケースにおいて、同社の対応は不十分または皆無であったことも分かった。フェイスブックの広報担当者は、複数のグローバルチームを配備して現地と連携し、第三者による事実確認も行って、ユーザーを守るべく対応している、と回答した。」

各報告に対する声明と、インスタグラムが10代の女子に及ぼす悪影響に関する報道に反論する記事とともに、フェイスブックはWSJによる一連の調査報告への回答を公表し、調査で取り上げられた点には「コンテンツのモデレーションからワクチンに関する誤情報、アルゴリズムの分散化、10代の若者の健全性まで、いち企業として取り組むには最も難しい課題も含まれている」とし、「そうした課題への対処の仕方に関して当社が責任を問われることは全く当然のことである」という見解を示した上で、次のように続けた。「しかし、今回の報告には、私たちが目指すものを意図的に誤解した内容が含まれており、フェイスブックの上層部や従業員にひどく誤った動機を与えた」とし、「フェイスブックは調査を行った上で、自社にとって不利な結果が出た場合に組織としてそれを故意に隠蔽している」といった疑惑については強く否定した。

フェイスブックは2021年9月末、13歳未満向けの画像共有アプリ「Instagram Kids」の開発を一時停止することを発表した。

2021年10月には、フェイスブックのプロダクトマネージャーだったフランシス・ホーゲン氏が、自身がWSJに内部文書を持ち込んだ告発者であることを明かし、フェイスブックは「安全性よりも利益」を優先しているとして糾弾した。ホーゲン氏は、フェイスブックが投資家を欺いているとして、米証券取引委員会に申し立てを行った。