Mediante un conjunto de medidas administrativas, que incluyeron el desalojo de su sede -que, por muchos años, estuvo alojada en la Universidad Nacional de San Marcos-, y más recientemente, el congelamiento de sus cuentas bancarias, así como la falta de aprobación definitiva de su personería jurídica, el Centro de Información y Documentación Bolivia se ha visto presionado por sus acciones contra los impactos de las industrias extractivas en el país.