2025년 5월, 노동조합은 코스트코가 노동절과 어린이날 등 공휴일에 쉬겠다는 노동자들을 징계하고, 파업 참가자를 위협했다고 주장했다. 노조에 따르면, 회사는 연차를 이용한 항의 행동을 거부하고 결근으로 처리했으며, 파업 참여자에게는 ‘주의 통지서’를 발부해 징계를 경고했다. 또한 출결 기록을 사후적으로 조작해, 기존에 없던 ‘직무 불이행’이라는 새로운 코드로 무단결근을 대체한 것으로 알려졌다. 노조는 이를 파업의 정당성을 훼손하고 노동자들을 위축시키기 위한 증거조작 행위라고 비판했다. 서비스연맹은 “코스트코의 행위는 명백한 부당노동행위이자 사용자의 부당간섭”이라며, 고용노동부에 해당 매장 관리자와 대표에 대한 신속한 조사와 책임자 처벌을 촉구했다.

기업과인권리소스센터는 코스트코에 관련 입장을 요청하였으나 답변을 받지 못하였다.